PyMOL除了觀察蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)之外還可以做什么呢，在這里想和大家一起，用一個實例來闡述一下如何運用PyMOL觀察蛋白質(zhì)與配體之間的相互作用關(guān)系：

1、找到你要的蛋白文件

Pymol 默認可以打開的文件格式是大家都很熟悉的PDB格式，我們可以從pdb這個網(wǎng)址中下載到。以為大家展示的這個對象為例－－－ 3ODU（一種與癌癥轉(zhuǎn)移和HIV感染有關(guān)的G蛋白偶聯(lián)受體），我們可以直接按照以下路徑直接打開：在External GUI中選擇 File—Get PDB，出現(xiàn)如下對話框，輸入我們要找的蛋白質(zhì)的PDB號，點擊Download，就可以直接下載對應(yīng)的PDB文件了，快速方便。

2、對Internal GUI中的五個按鍵進行操作

All指所有的對象，3ODU指剛才打開的文件，（sele）是選擇的對象按鈕。

A：代表對這個對象的各種action；

S：顯示這個對象的某種樣式；

H：隱藏某種樣式；

L：顯示某種label；

C：顯示的顏色。

下面是操作過程：

點擊all中的H，選擇everything，隱藏所有；

點擊3ODU中的S，選擇cartoon，以cartoon形式顯示蛋白質(zhì)；

點擊3ODU中的C，選擇by ss，以二級結(jié)構(gòu)分配顏色，選擇。

點擊右下角的S，

窗口上面出現(xiàn)蛋白質(zhì)氨基酸序列，找到1164位處的小分子抑制劑配體ITD，點擊選擇。

此時sele中就會包含ITD所對應(yīng)的殘基位置，點擊（sele）行的A，選擇rename selection，窗口中出現(xiàn)。

更改sele為ITD，接著點擊（ITD）行的S選擇sticks，點擊C，選擇by element，選擇。

調(diào)整窗口使此分子清楚顯示。

3、尋找ITD與蛋白質(zhì)相互作用的氫鍵

ITD行點擊A選擇find，選擇polar contacts，再根據(jù)需要選擇，這里選擇to other atoms inobject ，分子顯示窗口中出現(xiàn)幾個黃色的虛線。

ITD行下面出現(xiàn)了新的一行。

這就是氫鍵的對象，點擊這一行的C，選擇red ，把氫鍵顯示為紅色。

4、顯示跟ITD形成氫鍵的殘基

點擊3ODU行的S，選擇lines，顯示出所有殘基的側(cè)鏈，使用鼠標轉(zhuǎn)動蛋白質(zhì)尋找與ITD以紅色虛線相連的殘基，分別點擊選擇這些殘基。注意此時selecting要是residures而不是atoms。

選擇的時候要細心。取消選擇可以再次點擊已選擇的殘基。使用上述的方法把選擇的殘基（sele）改名為S1。點擊S1行的S選擇sticks，C選擇by elements。

點擊L選擇residures顯示出殘基名稱．在這個例子中發(fā)現(xiàn)其中有一個N含有3個氫鍵有兩個可以找到與其連接的氨基酸殘基，另一個找不到，這是因為這個氫鍵可能是與水分子形成的，水分子在pdb文件中只用一個O表示，sticks顯示方式?jīng)]有顯示出來水分子，點擊all行S選擇nonbonded，此時就看到一個水與N形成氫鍵。

點擊分子空白處，然后點擊選擇這個水分子，更改它的名字為w。在all行點擊H，選擇lines，再選擇nonbonded，把這些顯示方式去掉只留下cartoon。點擊w行S選擇nb－spheres。

5、最后的收尾工作

殘基名稱位置的調(diào)整：點擊右下角將3－button viewing 轉(zhuǎn)變?yōu)?－button viewing editing，這樣就可以編輯修改pdb文件了，我們可以將label 的位置進行修改，讓顯示更加清晰，然后調(diào)整視角方向直到顯示滿意為止，這時就可以保存圖片了，路徑是file＞save image as＞png。

為了得到更高質(zhì)量和更漂亮得圖片我們可以對菜單欄按照下面的路徑繼續(xù)處理：

Setting ＞cartoon＞highlight color（加深對比度）；

Setting ＞ cartoon ＞fancy helix；

Setting ＞transparency＞ cartoon ＞調(diào)節(jié)透明度至50％；

Setting ＞label＞size （調(diào)節(jié)label字體大小）；

Display＞background color＞white （背景設(shè)置為白色）；

此時窗口中的圖像應(yīng)該不怎么好看，我們可以試著點擊右上角的Draw／Ray。

選擇Draw處理的速度會更快，占用電腦資源會更少，選擇Ray，渲染的程度更高，這里我選擇的就是Ray。

等待一會，完成后就發(fā)現(xiàn)圖片清晰立體多了，這時千萬不要再在圖片上點擊了，趕快保存圖片。

這樣最后就會得到一張展示配體與蛋白相關(guān)殘基之間氫鍵作用的圖片了。